洁净手术室的一切清洁工作，均要求在净化系统运行过程中采用湿布擦拭。
1、洁净手术室各种仪器设备在进入手术间前，应安装完毕，擦拭干净。擦拭时，不宜使用掉纤维的织物材料作为清洁工具。
2、手术结束后应立即清除各种污物，并分类放入防水防污染的袋内密封，从污物通道运出。擦拭各种器材，整理手术间，以免污物在室内久留导致空气污染。
3、待所有人员离开，清洁工作完成后，洁净手术室净化空调系统应继续运行15～20min，再关闭层流空调，使室内空气达到洁净。
4、每天应在手术前、后，用消毒液各擦拭1次无影灯、器械车、麻醉桌、手术床、壁柜等各种器材表面及地面;对工作人员穿过的隔离鞋进行清洁消毒。每周将上述器材及地面彻底擦拭、清洁保养1次。
5、对粗过滤器、中效过滤器、回风口装置清洗1次，以确保尘埃过滤效果。每2周定期对粗过滤器、中效过滤器、回风网用500mg/L含氯消毒剂(高效)湿拭，使无菌切口感染率小于或等于0.2%的效果。
6、每月对洁净手术室空气、器材表面进行采样做细菌培养;对空气尘粒数、噪音、温湿度进行检测，并将结果登记备案。每6个月将洁净手术室初效、中效过滤器更换1次,净化手术室每年更换高效过滤网。
